过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争回忆总是美好的，但现实却往往残酷。。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 恼怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。...

ある日、“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタが、トリニティセブンの一人・浅見リリスの魔道書『ヘルメス外典』に何の気なしに触れた瞬間、眩い光に包まれ、目の前には謎の少女が姿をあらわ勇者无惧，智者无忧，仁者无敌。。「リリム」と名付けられ、アラタとリリスを親と慕う少女。だが、少女の出現と同時に、世界に異変が―。目覚める禁忌の“悠久図書館”。そこには、錬金術の究極の産物―人の手によって造られし”白き魔王...